אגף המשמעת אמון על הגנת תפקוד השירות ותדמיתם של משרדי הממשלה, יחידות הסמך והתאגידים הסטטוטוריים הכפופים לחוק שירות המדינה (משמעת), התשכ"ג –1963 (להלן – התאגידים הסטטוטוריים), וזאת באמצעות הנחת מערכת נורמות, נהלים ונוהגים המוטלת על העובד בהם, אשר מטרתה להבטיח את התנהגותו הנאותה של העובד.

התוקף החוקי ממנו שואב אגף המשמעת את סמכותו, המאפשר את כינון המשמעת, תוך נקיטה באמצעים משמעתיים, כנגד עובדים שסרחו, מצוי בחוק שירות המדינה (משמעת), התשכ"ג – 1963 (להלן – חוק המשמעת), תקנות שירות המדינה (משמעת) (סדרי הדין של בית הדין), התשכ"ד – 1963, תקנון שירות המדינה (התקשי"ר), כללי האתיקה, הודעות נציב שירות המדינה ועוד.