בראש בית הדין מכהן אב בית הדין, המשמש כיושב ראש בהרכבי בית הדין ואחראי על ניהול בית הדין. לפי צו לחלוקת אזורי שיפוט שפרסם שר המשפטים, ביה"ד דן בשני אזורי שיפוט באזור הצפוני בית הדין למשמעת בחיפה, השוכן בקרית הממשלה ברח' פל-ים 15 בחיפה, בפניו עומדים לדין נאשמים שמתגוררים בעיר נתניה או צפונית לה, ומי שהעבירות בוצעו באזורים אלה ובית הדין למשמעת בירושלים שכתובתו רח' בית הדפוס 12 (בית השנהב) ירושלים, בפניו עומדים לדין נאשמים שמתגוררים דרומית לנתניה או שעבירותיהם בוצעו באזורים אלה.

חברי בית הדין מתמנים על ידי שר המשפטים, בהתייעצות עם ראש הממשלה, לפרק זמן של חמש שנים, ניתן להאריך את תקופת הכהונה.

בדיון משפטי יושב הרכב של שלושה, כאשר בראש ההרכב (מכהנים אב בית הדין או ממלא מקומו) או משפטן, הכשיר להתמנות לפחות לשופט שלום, על חבר בית הדין אין מרות בענייני שפיטה, זולת מרותו של הדין.

התביעה בנציבות, בעקבות חקירה שמקיימת יח' החקירות, מגישה כתב תובענה לבית הדין, ואשר בעקבותיה נפתח ההליך המשפטי.

עובד, שלא מקיים את הוראות התקשי"ר ו/או את נוהלי ונוהגי מקום העבודה, מפר את דיניה של מדינת ישראל, או מתרשל בקיומם, מתנהג התנהגות שאינה הולמת את תפקידו, או פוגע בתדמית שירות המדינה, מתנהג התנהגות שאינה הוגנת במילוי תפקידו, משיג את מינויו שלא כדין, או מורשע על ידי ערכאה אזרחית בעבירה שיש עימה קלון – עובר עבירת משמעת, שבעטיה ניתן להעמידו לדין.

ההליכים בפני בית הדין מתנהלים לפי סדרי דיון, שנקבעו בתקנות שירות המדינה (משמעת) (סדרי הדין של בית הדין), התשכ"ג – 1963 והוראות נוספות ומשלימות הדרושות למען קיומו של הליך הוגן וצודק, שמיושמות במהלכו של הדיון המשפטי, על בסיס פסיקתם, של בית המשפט העליון, ובית הדין.

עובד מדינה רשאי להיות מיוצג על ידי סנגור על פי בחירתו, שאת שירותיו עליו לשכור, או לבקש מטעמים כלכליים ואחרים מינוי סנגור ממונה על ידי אב בית הדין.

לאחר ניהול ההליך המשפטי, מחליט בית הדין אם קיים יסוד להרשיע את הנאשם, או לזכותו בדין, ובית הדין מפרסם את הכרעת דינו.

אם  הורשע עובד המדינה בדינו, בעקבות ניהול משפטו, הודאתו בעבירות או על בסיסו של הסדר טיעון, בית הדין בגזר דינו מטיל עליו אחד או יותר מאמצעי המשמעת הבאים.

• התראה;
• נזיפה;
• נזיפה חמורה;
• הורדה בדרגה או הקפאתה, במידה ולתקופה שיקבע;
• הפקעת משכורת בסכום שיקבע בית דין ושלא יעלה על החלק השישי ממשכורתו החודשית של העובד;
• העברה – בתיאום עם המנהל הכללי של המשרד או מי שהוא מינה לכך – למשרה אחרת או למקום עבודה אחר במשרדו, בהגבלת זמן או בלי הגבלה;
• פסילה, לאחר העברה למשרה אחרת או למקום עבודה אחר למילוי תפקידים מסוימים, מידה ולתקופה שיקבע;
• פיטורים בתשלום פיצויי פיטורים, כולם או מקצתם, או ללא תשלום פיצויי פיטורים, ורשאי הוא להורות על תשלום פיצויי הפיטורים שנשללו, כולם או מקצתם, כפי שיחליט, למי שהעובד חייב בפרנסתם;
• פסילה למלא תפקיד לאחר פיטורים או פרישת העובד משירות המדינה בדרך אחרת, למילוי תפקידים מסוימים לצמיתות או לתקופה שיקבע;
• פסילה משירות המדינה לאחר פיטורים או פרישת העובד משירות המדינה בדרך אחרת, לשירות המדינה לצמיתות או לתקופה שיקבע;
• בצירוף לאמצעי משמעת אחר – פרסום החלטת בית הדין, כולה או מקצתה, באופן שיקבע בית הדין.

כמו כן, מוסמך בית הדין להורות על השבת כל זכות שקיבל עובד מדינה שלא כדין מהמדינה, עקב ביצוע העבירה, עד לסכום של 6 משכורות חודשיות.

מובהר בזה כי, עובד שנפסל משירות המדינה אינו זכאי לקבל גמלה בתקופת הפסילה. כמו כן, מוסמך בית הדין, בתנאים מסוימים, לשלול קצבה או להקטינה, גם כלפי מי שלא נפסל לשירות.

הנאשם או התביעה רשאים להגיש ערעור על פסק דינו של בית הדין למשמעת , תוך 30 יום ממועד נתינתו, לבית המשפט המחוזי שבתחומו פועל
בית הדין (ערעורים על פסקי הדין של בית הדין למשמעת בירושלים יוגשו לבית המשפט המחוזי בירושלים , וערעורים על פסקי דין של בית הדין למשמעת בחיפה יוגשו לבית המשפט המחוזי בחיפה).

ההליכים בפני בית הדין הינם הליכים פומביים, אלא אם בית הדין הורה על סגירת דלתיים מטעמי ביטחון או מטעמי מוסר.

פסקי הדין , למעט אלה שביה"ד אסר לפרסמם מטעמים שבדין, מתפרסמים באתר האינטרנט של  נציבות שירות המדינה.